비상장주식 양도는 양도계약서 작성부터 명의개서, 세금 신고까지 총 5단계 절차를 거쳐야 하며, 양도일로부터 1개월 이내 증권거래세, 2개월 이내 양도소득세 신고가 필수입니다. 신고 기한을 놓치면 미납세액의 20~40%에 해당하는 가산세가 부과되며, 특히 대주주 여부에 따라 양도소득세율이 20~25%로 달라집니다.

세이브택스에서 120개 업종별 전문 세무사들이 처리한 사례를 보면, 비상장주식 양도 시 가장 흔한 실수는 대주주 판정 기준을 잘못 적용하거나 간주취득세 신고를 누락하는 것입니다.

상장주식과 달리 비상장주식은 증권사 앱 한 번의 클릭으로 끝나지 않는 복합 거래입니다. 공동 창업자 지분 정리, 투자 유치 후 기존 주주 매각, 가족 간 경영권 이전 등 다양한 상황에서 정확한 절차를 모르면 예상치 못한 가산세를 부담하게 됩니다. 이 글에서는 비상장주식 양도의 전체 절차와 세금 계산법, 실무에서 반복되는 실수 사례까지 상세히 정리했습니다.

비상장주식 양도란 무엇인가요?

비상장주식 양도란 양도인이 양수인에게 대가를 받고 주식을 이전하는 행위입니다. 주식 매매와 동일한 개념이며, 대가를 받지 않는 이전은 양도가 아닌 증여에 해당합니다.

여기서 실무적으로 중요한 포인트가 있습니다. 대가를 받더라도 그 금액이 적정 시가보다 현저히 낮으면, 과세 당국은 시가와 거래가의 차액을 증여로 간주하여 증여세를 추가 과세할 수 있습니다. 법인설립 초기에 “공동 창업자끼리 액면가로 주식을 넘기자”고 합의하는 경우가 많은데, 법인이 영업활동을 시작하여 순자산이 증가한 상태라면 액면가 거래는 저가 양도에 해당할 수 있습니다.

비상장주식은 시장에서 형성되는 가격이 없기 때문에, 세법에서 정한 방식에 따라 시가를 산정해야 합니다. 일반적으로 1주당 순손익가치와 순자산가치를 3:2 비율로 가중평균한 금액을 기준으로 적정 거래가를 판단합니다. 이 평가 과정을 생략하면 사후에 과세 당국으로부터 증여세 추징을 받을 수 있으므로, 거래 전 세무 전문가의 검토가 필수입니다.

비상장주식 양도 5단계 절차

비상장주식은 증권시장을 거치지 않으므로 개인 간 계약으로 거래가 이루어집니다. 주주가 변동되더라도 별도 등기 의무는 없지만, 아래 다섯 단계를 순서대로 이행해야 합니다.

순서	절차	핵심 내용
1	주식양수도계약서 작성	매도인과 매수인이 양도 주식 수, 1주당 거래 가격, 대금 지급 방법, 거래 일자를 명시
2	증권거래세 신고·납부	양도 차익 발생 여부와 무관하게 매도인이 납부
3	양도소득세 신고·납부	차익이 있으면 세금 발생, 차익이 없더라도 신고 의무
4	명의개서	매수인이 요청 시 회사가 주주명부에 변동된 지분율과 주주 정보를 수정 기재
5	주식등변동상황명세서 제출	주주 변동이 있으면 회사가 법인세 신고 시 주주명부와 함께 제출

실무에서 놓치기 쉬운 두 가지

먼저 1단계에서 작성하는 주식양수도계약서는 이후 모든 세금 신고의 근거 서류입니다. 계약서만 작성할 것이 아니라, 거래 가격을 어떻게 산정했는지에 대한 근거 자료(순자산가치 평가서, 재무제표 등)를 반드시 별도 보관해야 합니다. 이 자료가 없으면 과세 당국의 소명 요청에 대응하기 어렵습니다.

5단계 주식등변동상황명세서 제출은 양도 당사자가 아닌 법인의 의무입니다. 대표님이 세무 담당자에게 주식 거래 사실을 제때 공유하지 않으면 이 단계가 통째로 빠집니다. 누락 시 법인에 가산세가 부과되고, 향후 투자 유치나 법인 매각 시 실사(Due Diligence)에서 하자로 지적될 수 있습니다.

손해를 봐도 내야 하는 세금, 증권거래세란?

증권거래세는 양도 차익 발생 여부와 무관하게, 주식을 거래한 사실 자체에 부과되는 세금입니다.

세율과 계산

비상장주식의 증권거래세율은 0.5%이며, 계산 방법은 단순합니다.

증권거래세 = 주식 매도 금액 × 0.5%

비상장주식을 5,000만 원에 매도했다면 증권거래세는 25만 원입니다. 양도 차익이 마이너스여서 손실이 발생한 거래라 하더라도 이 25만 원은 반드시 납부해야 합니다.

신고 기한

증권거래세와 양도소득세의 신고 기한은 동일합니다. 반기별로 아래 일정에 맞춰 신고·납부합니다.

구분	절차	신고 기한
상반기	1월~6월	8월 31일
하반기	7월~12월	다음 해 2월 말일

실무에서 가장 흔하게 기한을 넘기는 시점은 하반기 거래분입니다. 12월에 주식을 양도한 뒤 연초 결산 업무와 법인세 신고에 치이다 보면 2월 말 기한이 금세 지나갑니다. 거래 직후 캘린더에 신고 일정을 등록해 두시기 바랍니다.

홈택스 전자 신고 방법

홈택스에 로그인한 뒤 메인 화면의 전체메뉴 버튼을 클릭합니다. 세금신고 항목에서 증권거래세를 선택하고, ‘법 제3조 제3호 납세의무자(반기신고)’를 클릭하면 전자 신고 화면으로 이동합니다.

비상장주식의 양도소득세란?

양도소득세는 주식을 팔아 이익(양도 차익)이 생겼을 때 부과되는 소득세입니다. 상장주식의 경우 대주주가 아닌 소액주주는 장내 거래 시 양도소득세가 비과세되지만, 비상장주식은 대주주·소액주주 구분 없이 모든 거래가 과세 대상입니다.

양도소득세 계산 구조

• 1단계: 양도 차익 산정
  • 양도 차익 = 양도가액 − 취득가액 − 필요경비
  • 필요경비에는 증권거래세, 계약서 작성 비용, 공증 비용, 인지대, 소개비 등이 포함됩니다.
• 2단계: 과세표준 산정
  • 과세표준 = 양도 차익 − 기본공제 250만 원
  • 기본공제 250만 원은 연 1회만 적용됩니다. 같은 해에 여러 건의 비상장주식 거래가 있어도 공제는 합산 250만 원이 전부입니다.
• 3단계: 세율 적용

구분	기본 세율	지방소득세 포함 실효세율
소액주주 — 중소기업	10%	11%
대주주 — 과세표준 3억 원 이하	20%	22%

과세표준에 위 세율을 곱한 뒤, 해당 금액의 10%를 지방소득세로 추가 납부합니다.

대주주 판단 기준

비상장법인에서 대주주란 본인과 특수관계인의 지분을 합산하여 지분율 4% 이상 또는 시가총액 10억 원 이상에 해당하는 경우를 말합니다. 여기서 특수관계인의 범위는 배우자(사실혼 포함), 6촌 이내 혈족, 4촌 이내 인척, 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자·직계비속입니다.

소규모 비상장법인은 주주 수가 적기 때문에 지분율 4% 기준을 넘기기 쉽습니다. 본인이 대주주에 해당하는지 거래 전에 반드시 확인하세요. 소액주주 중소기업 세율(11%)과 대주주 세율(225%)의 차이가 크므로, 납부 세액에 미치는 영향이 상당합니다.

차익이 없어도 신고는 필수

양도 차익이 발생하지 않아 납부할 세액이 0원이더라도 양도소득세 신고 자체를 생략하면 안 됩니다. 과세 당국은 신고서를 통해 양도 차익 유무를 확인하며, 미신고 시에는 무신고 가산세가 부과됩니다.

과점주주 간주취득세, 양수인이 모르고 넘어가는 세금

비상장주식 양도에서 매도인이 부담하는 세금은 증권거래세와 양도소득세입니다. 매수인에게는 원칙적으로 별도 세금이 없습니다. 그러나 예외가 하나 있습니다. 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우, 법인이 보유한 자산에 대해 간주취득세가 부과됩니다.

이 세금은 존재 자체를 모르는 대표님이 많습니다. 거래를 마치고 수개월 뒤 갑자기 고지서를 받고 당황하는 사례가 적지 않으므로, 사전에 반드시 확인해야 합니다.

간주취득세란?

법인이 취득한 부동산 등의 자산에 대해, 해당 법인의 과점주주도 그 자산을 간접적으로 취득한 것으로 보아 부과하는 지방세입니다.

과점주주의 정의

본인이 보유한 주식 수에 특수관계인(배우자, 6촌 이내 혈족, 4촌 이내 인척 등)이 소유한 주식 수를 합산하여, 해당 법인 발행주식총수의 50%를 초과하면 과점주주에 해당합니다. 이때 본인뿐 아니라 특수관계인 전원이 과점주주로 간주됩니다.

예를 들어 주주 A와 B가 있는 비상장회사에서 B가 A의 자녀 C에게 주식을 양도했다고 가정합니다. A와 C가 보유한 주식의 합이 발행주식총수의 50%를 초과하면, A와 C 모두 과점주주에 해당합니다.

간주취득세가 부과되는 조건

첫째, 설립 이후 주식 거래를 통해 과점주주가 되었을 것. 법인 설립 시 최초 발행 주식을 50% 초과 취득하는 경우에는 부과되지 않습니다. 기존 과점주주의 지분율이 추가로 늘어나거나, 과점주주에서 벗어났다가 다시 과점주주가 된 경우에도 과세 대상입니다.

둘째, 해당 법인이 취득세 과세 대상 자산을 보유하고 있을 것. 부동산, 기계장비, 차량, 골프회원권 등이 대표적입니다. 법인이 이런 자산을 보유하지 않으면 간주취득세는 발생하지 않습니다.

간주취득세 계산

과세표준 = (과세 대상 자산의 장부가액 ÷ 발행주식총수) × 과점주주 보유 주식 수

이 과세표준에 취득세율 2%와 농어촌특별세 0.2%를 합산한 2.2%를 곱한 금액이 최종 납부 세액입니다.

신고 기한

과점주주는 주식을 취득한 날로부터 60일 이내에, 법인이 보유한 취득세 과세 대상 자산의 소재지를 관할하는 시·군·구청에 신고·납부해야 합니다. 증권거래세·양도소득세와 달리 홈택스가 아닌 지방자치단체에 신고한다는 점에 유의하세요.

법인이 부동산을 보유하고 있다면, 주식 거래를 진행하기 전에 간주취득세 발생 여부와 예상 세액을 반드시 사전에 파악해야 합니다.

비상장주식 양도 시 반드시 챙겨야 할 실무 포인트

비상장주식 양도는 단순한 세금 계산 문제가 아닙니다. 법인의 지분 구조, 정관 내용, 향후 투자 유치 계획까지 폭넓게 영향을 미치는 복합적인 의사결정입니다.

정관의 주식 양도 제한 조항

상법 제335조는 정관으로 주식 양도를 이사회 승인 사항으로 정할 수 있도록 허용하고 있습니다. 만약 정관에 이 조항이 포함되어 있는데 이사회 결의 없이 양도를 진행하면, 양도의 효력 자체가 분쟁 대상이 될 수 있습니다. 거래를 시작하기 전에 반드시 현행 정관을 확인하고, 양도 제한 조항이 있다면 이사회 결의를 먼저 거쳐야 합니다. 법인 전문 변호사·법무사가 작성·검토한 정관을 보유하고 있다면 이런 리스크를 사전에 파악하기 수월합니다.

향후 양도 세금을 좌우하는 설립 단계의 지분 설계

비상장주식 양도에서 발생하는 세금 부담은 설립 초기의 지분 구조에서 상당 부분 결정됩니다. 처음부터 향후 지분 변동 시나리오를 고려하여 구조를 설계하면, 나중에 양도할 때 불필요한 세금과 분쟁을 크게 줄일 수 있습니다. 특히 공동 창업의 경우 초기 지분 비율, 의결권 행사 기준, 추가 출자 시 희석 방지 조항 등을 정관과 주주 간 합의서에 사전 반영해 두는 것이 중요합니다.

지분 구조 설계부터 세무 관리까지, 전문가와 함께 시작하세요

“거래가 발생한 뒤에 어떻게 처리하지?”를 고민하기보다, 법인을 설립하는 단계에서부터 향후 지분 변동 시나리오를 고려한 구조를 만들어 두는 것이 가장 효율적인 접근입니다.

세이브택스 법인설립지원센터에서는 제휴 법무사 또는 변호사를 통해 법인설립 등기를 진행하고, 설립 이후에는 120개 업종별 전문 세무사가 세무기장과 주식 거래 관련 세무 신고까지 체계적으로 지원합니다. 세이브택스 세무기장 첫 해 이용 시 법인설립 비용이 무료이며, 공과금(등록면허세·교육세 등)만 고객이 부담합니다.

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