법인설립 첫해, 스타트업이 꼭 챙겨야 할 3대 리스크

안녕하세요, 세이브택스 법인설립지원센터입니다. 법인을 처음 세우면 제품 개발과 고객 확보에 집중하기 쉽습니다. 하지만 회사 돈의 관리와 직원 채용에 따른 의무도 설립 초기부터 함께 준비해야 합니다.

특히 첫해에는 거래 증빙과 자금 구분, 대표자·직원의 사회보험 가입, 퇴직급여 준비를 점검해 주세요. 문제가 생긴 뒤 정리하기보다 처음부터 담당자와 처리 기준을 정해 두면 누락을 줄일 수 있습니다.

1. 세무 리스크: 회사 돈과 거래 증빙부터 관리하세요

규모가 작은 법인도 세법상 신고·납부와 증빙 보관 의무가 있습니다. 다만 현금 거래나 간이영수증 사용이 있다는 이유만으로 곧바로 세무조사 대상이 된다고 단정할 수는 없습니다. 세무조사 대상은 국세기본법상 선정 기준과 사유에 따라 결정됩니다.

첫해에 집중할 부분은 사업 관련 지출을 설명할 수 있는지, 회사 돈과 개인 돈이 구분되는지, 신고가 정확하게 이뤄지는지입니다.

1) 대표자와 법인의 자금을 구분하세요

가능하면 사업 관련 수입·지출은 법인 계좌와 법인카드로 처리하세요. 대표자가 개인 돈으로 회사 비용을 먼저 냈다면 거래 내용과 영수증, 지급 내역을 보관하고 회사 장부에 반영한 뒤 정산합니다.

반대로 회사 돈을 대표자가 개인적으로 사용하거나 자금 용도를 확인할 수 없으면 가지급금 등으로 처리되어 인정이자·지급이자 손금불산입 등 세무상 문제가 생길 수 있습니다. 대표자에게 지급한 돈은 급여, 비용 정산, 대여금 등 실제 성격에 맞게 구분해야 합니다.

2) 계좌이체 내역만으로 증빙을 끝내지 마세요

계좌이체는 대금 지급 사실을 보여 주지만, 그 자체가 세금계산서 등 적격증빙을 대신하는 것은 아닙니다. 거래 성격에 맞게 세금계산서·계산서·신용카드매출전표·현금영수증 등을 받아 보관하세요.

사업자로부터 재화·용역을 공급받는 일반적인 거래는 건당 금액이 부가가치세를 포함해 3만 원을 초과하면 원칙적으로 적격증빙 수취 대상입니다. 다만 법정 예외가 있고, 기업업무추진비 등은 별도 기준을 확인해야 합니다.

간이영수증만 있다는 이유로 모든 비용이 자동 부인되는 것은 아닙니다. 실제 사업 관련 지출인지와 적격증빙 수취 의무를 구분해야 하며, 증빙 누락에 따른 가산세나 부가가치세 매입세액 공제 문제도 따로 검토해야 합니다.

• 계약서·발주서와 납품·용역 결과 자료를 거래별로 묶어 보관합니다.
• 법인 계좌·카드 내역과 세금계산서·영수증을 매월 대조합니다.
• 대표자·주주 등 특수관계자와의 거래는 계약 조건과 실제 지급 내역을 명확히 남깁니다.
• 매출이 없더라도 필요한 세금 신고가 있는지 확인하고, 급여·프리랜서 보수의 원천세와 지급명세서도 관리합니다.

2. 4대보험 리스크: 대표자와 직원의 기준이 다릅니다

법인 대표이사가 모두 4대보험에 의무 가입하는 것은 아닙니다. 보험별 적용 기준이 다르므로 대표자의 보수 지급 여부와 직원의 근로 형태를 구분해 확인해야 합니다.

1) 대표자는 보수와 가입 자격을 확인하세요

보수를 받는 대표이사는 일반적으로 국민연금 사업장가입과 건강보험 직장가입을 검토합니다. 국민연금은 연령 등 적용 제외 사유도 확인해야 하며, 보수를 받는 대표이사만 1명 있는 법인도 국민연금 사업장 가입 대상이 될 수 있습니다.

무보수 대표자는 보수를 받는 대표자와 다르게 처리할 수 있습니다. 실제 무보수 여부를 확인할 수 있는 의사록·확인서 등과 공단의 신고 절차를 확인하세요. 무보수라고 해서 개인의 국민연금·건강보험 자격이나 보험료가 모두 없어지는 것은 아닙니다.

회사를 경영하는 대표이사는 통상 근로자가 아니므로 근로자에게 적용되는 고용·산재보험에 자동으로 가입하지 않습니다. 실제 근로자성이나 사업주를 위한 별도 가입 제도에 해당하는지는 따로 확인해야 합니다.

2) 직원 채용 시 보험별 신고를 준비하세요

첫 직원을 채용하면 사업장의 적용·성립 신고와 직원의 자격 취득 신고 등을 확인합니다. 신고 기한과 서식은 보험별로 다르므로 “나중에 한꺼번에 처리하자”는 방식은 피하는 것이 좋습니다.

• 입사일, 근로계약 기간, 소정근로시간, 보수와 인적사항을 정리합니다.
• 단시간·일용근로자, 고령자·외국인 등은 보험별 가입 요건과 예외를 확인합니다.
• 근로계약서와 급여명세서를 준비하고, 보험료 공제액과 회사 부담액을 구분합니다.
• 신고 접수 결과와 자격 취득일, 공단 고지 내역을 확인합니다.

계약서에 프리랜서라고 쓰거나 3.3%를 원천징수했다는 이유만으로 근로자가 아닌 것은 아닙니다. 실제 지휘·감독 관계와 근무 방식 등에 따라 판단하므로 계약 명칭과 실제 업무가 일치하는지 점검하세요.

가입 대상인데 신고를 누락하면 보험료 소급 부과나 과태료 등이 발생할 수 있습니다. 제재는 보험과 위반 내용에 따라 다르므로 일률적인 금액으로 안내하기보다, 가입 대상과 신고 기한을 먼저 정확히 확인해야 합니다.

세이브택스 법인설립지원센터에서 세무 전문가 안내를 받고, 근로자성 판단 등 노무 검토가 필요하면 해당 분야 전문가와 함께 확인해 보세요.

3. 퇴직급여 리스크: 직원 1명이어도 지급 요건을 확인하세요

퇴직급여는 5인 미만 사업장에도 적용됩니다. 다만 직원을 채용했다고 곧바로 모든 직원에게 퇴직금 지급 의무가 생기는 것은 아닙니다. 원칙적으로 계속근로기간 1년 이상이고, 4주간을 평균한 1주 소정근로시간이 15시간 이상인 근로자가 대상입니다.

1) 신설 사업장은 퇴직연금 설정 의무도 확인하세요

근로자퇴직급여 보장법 제5조는 2012년 7월 26일 이후 새로 성립한 사업의 사용자가 근로자대표의 의견을 들어 사업 성립 후 1년 이내에 DB형 또는 DC형 퇴직연금제도를 설정하도록 정하고 있습니다. 합병·분할로 성립한 경우는 제외합니다.

따라서 신설 스타트업에 “퇴직금과 퇴직연금 중 아무거나 선택하면 된다”고만 안내하는 것은 정확하지 않습니다. 사업 성립 시점과 적용 여부를 확인하고 제도 도입을 준비하세요. 법인등기일을 모든 경우의 사업 성립일로 단정하기보다, 사업의 실제 성립·승계 여부도 검토해야 합니다.

퇴직급여제도를 설정하지 않은 경우에도 법 제11조에 따라 퇴직금제도를 설정한 것으로 봅니다. 제도를 준비하지 않았다는 이유로 이미 발생한 근로자의 퇴직급여를 지급하지 않아도 되는 것은 아닙니다.

2) 퇴직급여는 처음부터 인건비 예산에 반영하세요

퇴직금제도는 계속근로기간 1년에 대해 30일분 이상의 평균임금을 지급하도록 합니다. DC형 퇴직연금은 사용자가 가입자의 연간 임금총액의 12분의 1 이상을 부담금으로 납입하며, DB형은 법정 급여 수준과 적립 기준에 맞게 관리해야 합니다.

퇴직금은 원칙적으로 퇴직에 따른 지급 사유가 발생한 날부터 14일 이내에 지급합니다. 특별한 사정이 있으면 당사자 합의로 지급 기일을 연장할 수 있습니다. 지급 계좌도 원칙적인 IRP 이전 방식과 법정 예외를 함께 확인하세요.

• 입사일부터 근속기간과 소정근로시간을 관리합니다.
• 퇴직연금 도입 일정, 규약 작성·신고와 근로자대표 관련 절차를 확인합니다.
• 퇴직급여 예상액 또는 부담금을 매월 인건비 예산에 반영합니다.
• 제도를 변경하면 도입 전 근로기간의 처리와 이미 적립된 금액을 확인합니다.

중소기업퇴직연금기금제도 등 활용 가능한 제도도 검토할 수 있습니다. 가입 대상과 지원 요건·기간은 신청 시 근로복지공단의 최신 안내를 확인하세요. 제도 가입만으로 모든 회사가 지원을 받거나 퇴직급여 부담이 없어지는 것은 아닙니다.

첫해 점검사항, 세 가지로 정리하세요

법인설립 첫해에는 회사 규모보다 누가 어떤 기준으로 관리할지를 정하는 것이 중요합니다. 세무·급여·퇴직급여 업무의 담당자와 점검 주기를 정하고, 직원 채용이나 대표자 보수 변경이 있을 때 다시 확인하세요.

법인설립, 전문가와 함께 준비하세요

세이브택스 법인설립지원센터에서는 1:1 전담 컨설턴트가 회사 기본사항과 준비서류를 안내합니다. 법인설립 등기는 제휴 법무사·변호사가, 회계·세무 업무는 세이브택스 소속 세무 전문가가 담당합니다.

✅ 제공 서비스

• 법인설립 등기 및 사업자등록 대행 안내
• 비상주사무실 연계
• 업종에 맞는 세무 전문가 소개
• 정부지원금 컨설팅 및 가맹거래사 무료 상담 안내

✅ 비용 혜택

세무기장을 12개월 함께 이용하면 법인설립 대행 수수료를 지원해 드립니다. 등록면허세·지방교육세·법원 등기 신청 수수료 등 공과금과 세무기장 이용료는 별도입니다. 정관·법인인감도장 제공, 비상주사무실 할인 등 혜택의 조건과 범위는 상담 시 확인해 주세요.

✅ 세무기장 안내

업종과 거래 형태에 맞는 기장·신고 업무를 안내하고, 필요한 자료와 세무상 검토사항을 함께 확인합니다. 급여·사회보험 신고 지원이나 별도 노무 상담이 필요하다면 담당 범위와 비용을 문의해 주세요.

법인설립부터 첫해 운영 준비까지, 궁금한 점이 있다면 편하게 문의해 주세요.

참고 법령 및 공식 안내

국세기본법 제81조의6 — 세무조사 대상자 선정
법인세법 제116조 및 같은 법 시행령 제158조 — 지출증명서류 수취·보관
국민연금공단 사업장 가입 안내
국민건강보험공단 법인대표자 무보수 확인서
근로자퇴직급여 보장법 — 제4조·제5조·제8조·제9조·제11조·제20조 등