법인 본점 소재지 결정 시 알아야 할 세금

안녕하세요, Savetax-법인설립지원센터입니다!

법인을 세울 때 주소지를 정하는 문제는 단순히 서류에 기재할 ‘주소’의 문제가 아닙니다.

본점 소재지는 회사의 정체성을 드러내는 동시에, 세금과 법률적 효과를 좌우하는 핵심 요소입니다.

특히 본점이 어디에 있느냐에 따라 세금 혜택이나 부담이 크게 달라질 수 있습니다.

본점이란 무엇인가?

본점은 회사의 머리 역할을 하는 곳입니다.

경영진이 모여 의사결정을 하고, 주요 기능이 집중되는 장소가 바로 본점이죠.
반면, 사업장은 실제 영업이나 거래가 이루어지는 현장을 의미합니다.

본점과 사업장이 같은 수도 있지만, 하나의 본점 아래 여러 사업장을 둘 수도 있습니다.

본점과 사업장의 구분, 왜 중요할까?

본점과 사업장을 구분하는 이유는 단순히 개념상의 차이가 아닙니다.
세금 신고와 납부 단위가 달라지기 때문입니다.

• 본점은 법인세 납세지를 결정하는 기준이 되고,

• 사업장은 부가가치세 납세 단위가 되며,

• 부동산은 그 소재지가 취득세 과세 기준이 됩니다.

본점 소재지와 세금의 관계

2025년 현재 우리 세법은 본점 소재지에 따라 관할 세무서를 정하고, 수도권 집중을 억제하기 위해 지역별로 과세 혜택과 불이익을 구분합니다.

• 수도권 과밀억제권역 안에 본점을 둔 경우

  • 취득세와 등록면허세가 일반보다 높게 부과될 수 있습니다.

  • 창업 감면, 지방 이전 기업 지원 등 각종 법인세 감면 혜택을 받을 수 없습니다.

• 수도권 밖에 본점을 둔 경우

  • 창업 중소기업 세액감면, 지방 이전 기업 세제지원 등 조세 혜택을 받을 수 있습니다.

즉, 본점을 어디에 두느냐가 곧 회사의 세금 전략을 결정짓는 출발점이 되는 것입니다.

세금별 관할 기준

세목마다 신고·납부 관할이 다르기 때문에 혼란이 생기기 쉽습니다.

본점과 지점의 차이를 함께 정리하면 다음과 같습니다.

1. 법인세 – 본점 기준 과세

• 법인세법 제9조에 따라, 내국법인의 납세지는 등기부상 본점·주사무소 소재지입니다.

• 따라서 지점에서 수익이 발생하더라도, 법인세는 본점에서 통합해 신고·납부해야 합니다.

• 예외적으로, 외국법인의 국내 지점은 그 지점 소재지가 납세지가 됩니다.

2. 부가가치세 – 사업장별 과세 원칙

• 원칙적으로 사업장마다 사업자등록을 하고, 해당 사업장 관할 세무서에 신고·납부해야 합니다.

• 예시 :
  

  • 건설업·부동산매매업 → 본점 또는 지점 소재지 세무서

  • 부동산임대업 → 임대 부동산 등기부상 소재지 관할 세무서별로 각각 등록·신고

다만, 두 가지 예외 제도가 있습니다.

1. 주사업장 총괄납부 제도 : 신고는 각 사업장에서 하지만, 납부만 주사업장에서 일괄 처리 가능

2. 사업자 단위 과세 제도 : 본점 기준으로 모든 사업장의 매출·매입을 통합해 신고·납부 가능 (별도 신청 필요)

3. 취득세 – 부동산 소재지 기준

• 취득세의 납세지는 부동산 소재지 관할 시·군·구청입니다(지방세법 제8조).

• 본점이나 지점 주소와는 무관하게, 해당 부동산의 위치 자체가 기준입니다.

• 과밀억제권역에서 본점·주사무소 또는 지점을 신설·전입하고, 그 이후 5년 이내에 부동산을 취득하면 중과세 대상이 됩니다(지방세법 제13조).

4. 등록면허세 – 지점 설치 시 발생

수도권 과밀억제권역에 본점이나 지점을 두는 경우 주의해야 합니다.

• 등록면허세 : 과밀억제권역에서 법인을 설립하거나 지점을 설치·전입하면 보통세율의 3배가 부과됩니다.

자택을 본점으로 정할 수 있을까?

많은 창업자가 궁금해하는 부분입니다.

2025년 현행 법령상으로는 자택을 본점 주소로 두는 것을 막는 규정은 없습니다.
다만, 업종에 따라 인허가 절차에서 제약이 있을 수 있고, 세무서의 현장 확인 과정에서 실제 영업 공간으로 보기 어렵다고 판단되면 문제가 될 수 있습니다.

따라서 업종 특성과 행정 요건을 반드시 확인해야 합니다.

지점 설치 시 주의할 점

만약 부동산 임대업을 하면서 지점을 설치하지 않고 사업자등록도 하지 않았다면, 미등록 가산세가 부과될 수 있습니다.
또한 수도권 과밀억제권역으로 본점을 이전하거나, 해당 지역에 지점을 새로 두면서 부동산을 취득하면 취득세 중과세 문제가 발생할 수 있습니다.

종합 정리

본점 주소는 세법상 회사의 납세 의무를 규정하는 핵심 기준입니다.

특히 수도권 과밀억제권역 내에 본점을 두면 취득세·등록면허세 중과세와 조세감면 배제 등 불리한 점이 많습니다.

따라서 본점 소재지를 결정할 때는 회사의 운영 계획, 장기적인 확장 방향, 그리고 세금 혜택까지 함께 고려해야 합니다.