법인 청산 시 알아야 할 세금 구조

안녕하세요, Savetax-법인설립지원센터입니다!

회사를 운영하다 보면 언젠가는 정리해야 할 순간이 찾아옵니다.
하지만 많은 대표님들이 “법인을 닫으면 그냥 끝나겠지”라고 생각하시곤 합니다.

사실은 그렇지 않습니다.
법인 청산 과정에서는 반드시 세금 문제가 발생하고, 경우에 따라 생각보다 큰 금액이 부담될 수 있습니다.
오늘은 법인 청산 시 꼭 알아야 할 세금 구조를 정리해 드리겠습니다.

1. 법인 청산, 세금은 피할 수 없다

회사를 정리한다고 해서 단순히 “문을 닫는다”로 끝나는 게 아닙니다.

• 사업 운영 중 : 매출과 이익에 대해 법인세 납부

• 청산 시점 : 남은 자산을 정리하면서 청산소득세 추가 발생

즉, 법인을 정리할 때는 “마지막 세금 고지서”가 기다리고 있는 셈입니다.

2. 실제 계산은 어떻게 될까?

가상의 사례로 살펴보겠습니다.

• 자산 30억 원, 부채 10억 원

• 자본금 1억 원, 이익잉여금 19억 원

이 법인이 청산된다면, 모든 자산을 현금화한 뒤 부채를 갚고 남은 30억 원을 주주에게 나눠주게 됩니다.

이때 과세는 이렇게 진행됩니다.

• 법인세(일반) : 당기소득에 대해 과세 (예: 약 4천만 원)

• 청산소득세 : 잔여재산 – (자본금 또는 출자금 + 잉여금 합계) 초과분에 과세 (예: 약 1억 8천만 원)

👉 청산소득 확정신고는 잔여재산가액 확정월 말일부터 3개월 이내에 해야 합니다.

즉, 법인 단계에서만 약 2억 2천만 원을 세금으로 내야 하는 구조입니다. (예시 수치임)

3. 주주도 세금을 낸다 : 배당소득세

법인이 세금을 낸 뒤 남은 금액을 주주가 가져가면, 소득세법상 의제배당으로 간주되어 주주도 다시 세금을 내야 합니다.

• 잔여재산 = 주주 지분율에 따라 배분

• 배분된 금액은 배당소득세 과세 대상

• 종합소득세 신고 시 합산 과세되며, 경우에 따라 건강보험료까지 함께 부담

※ 2025년부터 배당소득은 일부 항목에 대해 배당금 10% 가산 후 세액공제(11%) 제도가 적용됩니다. 다만, 청산으로 인한 의제배당은 예외가 있는 경우가 있어 사례별 검토가 필요합니다.

4. 연봉 1억 원 근로자가 청산 배당을 받는다면?

주주가 이미 근로소득(예: 연봉 1억 원)이 있는 경우, 세금 부담은 훨씬 커집니다.

근로소득과 청산 배당이 합산되면서 종합소득세 최고세율 45% (지방소득세 별도)까지 적용될 수 있습니다.

실제 계산해보면, 청산 배당금의 약 40% 가까이가 세금으로 빠져나가는 경우도 있습니다.

또한 직장가입자의 경우, 보수 외 소득(이자·배당 등) 합계가 연 2,000만 원을 초과하면 초과분에 대해 건강보험료(소득월액보험료)가 추가로 부과됩니다.

즉, 단순히 “남은 돈 나눠 갖자”는 생각만으로 청산에 들어갔다간, 예상치 못한 세금 폭탄을 맞을 수 있습니다.

5. 절차를 무시하면 더 큰 리스크 : 의제배당 과세

폐업신고만 하고 청산절차를 생략하면 큰 세무 리스크가 발생합니다.

실제 사례에서, 한 회사가 청산절차 없이 잔여 자산을 대표가 가져간 경우, 세무서는 이를 의제배당으로 보고 수십억 원의 세금을 추징했습니다.
절차를 무시한 탓에 오히려 더 많은 세금을 내야 했던 것입니다.

따라서 법인을 닫을 때는 반드시 폐업신고 + 청산절차 두 가지를 모두 진행해야 합니다.

✅ 결론

법인 청산은 단순한 행정 절차가 아닙니다.

• 법인 단계 세금 : 법인세, 청산소득세

• 주주 단계 세금 : 배당소득세, 건강보험료

• 절차 미이행 리스크 : 의제배당 과세

이 세 가지를 반드시 고려해야 합니다.

👉 청산을 고민 중이라면, 전문가와 시뮬레이션을 거쳐 예상 세금을 미리 확인하는 것이 가장 안전한 방법입니다.

국가법령정보센터·국세청 공개자료(2025년 기준)를 참고하여 재구성했습니다.